4月6日，教育部办公厅印发《关于做好2006教育审计工作的通知》。要求各省、自治区、直辖市、各计划单列市的教育行政部门和部直属高校贯彻2005年全国教育审计工作会议精神，全面审计，突出重点，加大事前、事中和效益审计力度。同时，要提高审计人员素质，建设适应教育改革和发展需要的审计队伍，以创新为动力，开拓审计新领域，加强教育审计研究。

9月，围绕中国教育审计制度建立20周年，财务司组织出版了《中国教育审计二十年》一书，总结了各省、自治区、直辖市教育行政部门和教育部直属高校近10年教育审计工作的成绩及经验，并对教育审计工作中遇到的理论问题进行了深入的探讨和思考。